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Nous suivons les aventures de 5 jeunes filles : Asuka, Ikaruga, Katsuragi, Hibari et Yagyū qui en apparence ressemble à de jeunes écolières normales. Cependant elles sont en réalité des apprenties ninjas qui suivent un entrainement rigoureux pour devenir des ninjas d'élite à l'Académie National de Hanzō qui est réputée pour être une école d'excellence.
Malheureusement tout n'est pas simple car dans l'ombre une autre école de ninja envoi ses meilleurs disciples pour prendre la suprématie du monde des ninjas en utilisant tous les moyens nécessaires, que ce soit en bien ou en mal. Cela risque de contrecarrer l'année d'étude de nos 5 jeunes filles au sein de leur académie mais aussi de mettre en danger la vie de personnes innocentes.